Liikekumppanirekisterissä on mahdollista käyttää kaksitasoisia liikekumppaniryhmiä eli ns. pääryhmäajattelua.
Pääryhmä on ylemmän tason liikekumppaniryhmä, johon voi liittää ainoastaan tavallisia liikekumppaniryhmiä, ei siis suoraan liikekumppaneita. Kukin liikekumppani voi kuulua yhden pääryhmän alla vain yhteen liikekumppaniryhmään, mutta silti useampaan eri pääryhmien alaisiin liikekumppaniryhmiin. Ominaisuuden tarkoituksena on helpottaa suurempien liikekumppanirekistereiden hallintaa.
Mikäli Yrityksen tietojen Käyttöasetukset -näkymällä on laitettu Kaksitasoiset liikekumppaniryhmät -asetus päälle, tulee liikekumppanirekisteriin useita laajennuksia.
Liikekumppanirekisterissä on saatavilla uusi Pääryhmät-näkymä, jonka kautta pääryhmiä voidaan hallinnoida.
Pääryhmät -sivun alla on ryhmien ja pääryhmien liittäminen ja erottaminen -sivu, jonka kautta voidaan valita, mitkä liikekumppaniryhmät kuuluvat mihinkin pääryhmään. Pääryhmien hallinnointi toimii lähes identtisesti kuin tavallisten liikekumppaniryhmien hallinnointi - ainoastaan ryhmien tilalla on nyt pääryhmiä ja liikekumppaneiden tilalla ryhmiä.
Pääryhmää voidaan käyttää hakuehtona useimmissa rekisterihauissa, esimerkiksi liikekumppanirekisterin selailussa, uuden laskun ja joukkokirjeen laadinnassa. Jos pääryhmät ovat käytössä, näkyy liikekumppaniraportilla tieto, mihin pääryhmiin liikekumppani kuuluu, kun raportille valitaan mukaan rekisterin tieto Liikekumppaniryhmä.