Mikäli yrityksellä on käytössä viivakoodinlukija tai on tiedossa virtuaaliviivakoodi, voidaan ostolasku tallentaa järjestelmään niiden avulla.
Kohdassa Ostot / Uusi ostolasku painetaan sivun yläreunassa olevaa Viivakoodi -painiketta. Näytölle aukeaa tyhjä ostolaskusivu ja Viivakoodin lukeminen -ikkuna, jonka jälkeen viivakoodi voidaan lukea. Pankkiviivakoodi sisältää saajan pankkitilin numeron, laskun summan, viitenumeron ja eräpäivän. Pankkitilin avulla haetaan rekisteristä toimittajan tiedot. Viivakoodia käytettäessä luodaan laskulle yksi rivi laskun loppusummasta. Liikekumppanin oletustuotteita ei tällöin voi käyttää.
ProCountor tunnistaa pankkiviivakoodin version 2 jota käytetään, kun saajan tilinumero on kansallisessa BBAN-muodossa ja viite on kansallisessa muodossa, sekä version 4 jota käytetään, kun tilinumero on kansainvälisessä IBAN-muodossa ja viite kansallisessa muodossa.